Jag hade samma problem och gjorde en lätt PHP-klass för att göra formatering/syntaxmarkering.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Jag har inte helt testat det med komplexa frågor (underval, fackföreningar, etc.), men det verkar fungera ganska bra för vanliga fall.
För att få helt korrekta resultat behöver du verkligen en fullständig SQL-parser som phpMyAdmin använder, men som använder 10 000+ rader kod spridda över många filer och är förmodligen överdriven för enkel felsökning.