Det finns några google-länkar om samma problem som jag har följt som har hjälpt mig att fixa detta (jag borde ha spenderat mer tid på att googla innan jag skrev!). Så för att lösa problemet behövde jag skapa en phpmyadmin-databas och importera create_tables.sql och tilldela en ny användare med fullständiga rättigheter och sedan avkommentera filen config.inc.php på:
/* User used to manipulate with storage */
$cfg['Servers'][$i]['controlhost'] = '';
$cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'phpmyadmin';
och avkommentarraderna nedan
/* Storage database and tables */
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
Jag behövde också lägga till några rader från den nya versionen config.sample.inc Det fanns en bra länk som beskrev detta som jag ville spara men jag var tvungen att rensa min webbläsares cache för att ladda om localhost/phpMyAdmin och då tappade jag min historik och den länken!
Jag vet att den här förklaringen inte är exakt beskriven men jag hoppas att den kan hjälpa någon annan som får ett liknande problem efter att ha uppdaterat phpMyAdmin. Jag är fortfarande inte säker på vad alla dessa funktioner gör men allt är fixat nu, tack!