Jag är inte säker på om du vill använda MongoDB-skript eller ditt appspråk (Nodejs om jag har fel)
Så här fungerar det på Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Om detta inte är vad du vill, vänligen uppdatera ditt inlägg och lägg till vilket språk/ramverk du använder