Jag skulle föreslå att du lagrar röster som en lista över berättelsen _id s i varje användare. På så sätt kan du ta reda på vilka berättelser en användare har röstat på bara genom att titta på listan. För att få användare som har röstat på en berättelse kan du göra något som:
db.users.find({stories: story_id})
där story_id är _id av berättelsen i fråga. Om du skapar ett index på stories båda dessa frågor kommer att vara snabba.