Du kan göra detta genom att slå in din $nin i en $elemMatch
operatorn så att $nin tillämpas separat på varje element i sections istället för uppsättningen element som en grupp:
Group.find({ sections: { $elemMatch: { $nin: archived_sections } } })
.exec(function(err, groups){
res.send(groups);
}
);
Om minst ett element uppfyller $elemMatch fråga, dokumentet matchar.