Koden som lagts upp fungerar verkligen framgångsrikt - problemet jag hade var något annat.
Jag gjorde något sånt här:
Aggregation agg = newAggregation(
project("comments"), //This was the problem! Without this it works as desired!
unwind("comments"),
sort(Direction.DESC, "comments.createdAt")
);
Som jag skrev i koden ville jag bara projicera kommentarerna -Fält för att spara lite overhead - men detta orsakade faktiskt mitt problem!
Tack så mycket för tipset!