Jag såg inget svar och jag hade samma fråga idag.
Du kan släppa databasen tidigare med:
use <db>
db.dropDatabase()
Eller så kan du bara släppa samlingen med:
db.<collection>.drop()
Problemet med ditt kommando kan vara att något missas, som databasen som du autentiserar mot eller användaren eller kanske något annat.
I min inställning fungerar detta
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Om din dump var zippad i förväg kan du lägga till flaggan --gzip i slutet.
Du kan hitta allt det i dokumentationen för att ta bort en databas eller i dokumentationen att ta bort en hel databas. Men var försiktig med det.