Det korta svaret på din fråga är; det gör du inte. Det enda tillgängliga alternativet för dig är att lagra varje unikt par som ett enda arrayelement. Så hellre än :
{a:[1,2], b:[8,9]}
du lagrar
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Uppenbarligen har detta några nackdelar så det beror verkligen på ditt specifika användningsfall om detta är en lämplig lösning eller inte. Jag håller dock med om att mongo inte bör avvisa flera arrayindex bara för idiotsäkring. Det är en bra funktion för arrayer med små/låg kardinalitet.