Jag kan inte se något annat sätt också, jag implementerade en sådan sak tidigare och hade inga problem.
På ditt fall borde det vara så här, du skickar vissa användares $follower_ids array som ett argument till din funktion:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
Och om du indexerar statusar (om du har tillräckligt med ram för att göra det) på owner_id skulle du få resultaten riktigt snabbt.
Hoppas det hjälper, Sinan.