Så efter att ha skrivit ovanstående fråga insåg jag ganska snabbt vad jag gjorde fel.
KONTROLLERA ATT DIN DATAMAPP INTE VISAS AV GRUNT
Jag hade min datamapp i servermappen skapad av yeoman-projektet som bevakades av grunt men också låst av mongod. Jag flyttade min datamapp (jag är säker på att du kan ignorera datakatalogen istället) och den fungerar nu bra.
Jag hoppas att det här sparar någon annan de 20 minuterna det tog mig att ta reda på :)
L