Att uppdatera ett indexerat fält i mongodb orsakar en uppdatering av indexet (eller indexen om du har fler än ett) som använder det. Den "indexerar inte om". Borde inte vara så dyrt - du kommer i praktiken att radera den gamla posten och infoga en ny.
Det här dokumentet har en hel del detaljer om mongodb-index:
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
BTW, kom ihåg att det finns ett speciellt fält, _id, som mongodb använder som sin primärnyckel
Du kan inte uppdatera fältet _id.