Det finns inget "bästa" sätt att fråga, eftersom det verkligen beror på dina specifika behov, men... du kan inte utföra en enda fråga över flera samlingar (bortsett från $lookup aggregeringspipeline-funktion i senare versioner, som du redan är medveten om).
Du måste göra flera frågor:en till ditt post samling och en till din comment samling.
Om du måste utför en enda fråga och överväg sedan att lagra båda typerna av dokument i en enda samling (med någon identifieringsegenskap som låter dig filtrera på antingen inlägg eller kommentarer i din fråga).