Jag tror att du pratar om drivrutiner, inte PHP i sig. PHP har inget inbyggt stöd för att komma åt \Mongo* klasser tills du kompilerar och laddar specialtillägg.
Eftersom du pratar om den senaste versionen av MongoDB, tror jag att du inte kunde använda vissa delar av dess funktionalitet eftersom du hade någon gammal drivrutin (säg, 1.2.12). När du uppgraderade PHP uppdaterade du förmodligen även drivrutinen till den senaste (1.3.0) stabila versionen. Den versionen av drivrutinen skickades in för ett par dagar sedan och den stöder alla de senaste funktionerna som MongoDB tillhandahåller.
Hur som helst, om du vill kontrollera vilken version av drivrutinen du har kan du ringa phpinfo(8) från din PHP och titta igenom utdata för mongo avsnitt, där versionen av drivrutinen visas.