Om du startar mongod som användare xxx då måste alla kataloger och filer som den behöver använda ägas av användaren xxx - i ditt fall ser jag flera filer som ägs av root så mongod kan inte manipulera dessa filer.
Fixa behörigheterna och se till att du aldrig kör mongod som rot igen. Dessutom, när du får ett felmeddelande från mongod titta i loggfilen kommer att berätta exakt vad som orsakade ett fel. (I alla fall utom där filen inte är skrivbar av användaren mongod körs som).