Jag föreslår att du följer den här guiden: http://www.codeproject.com/Articles/81413/Windows-Azure-Drives-Part-1-Configure-and-Mounting . Den här guiden förklarar hur du monterar enheten men den visar också hur du kan spara enhetsbeteckningen som en miljövariabel.
Detta är intressant för när du startar mongo-instansen kan du bara använda den här miljövariabeln tillsammans med --dbpath. Kanske skulle det vara bäst att kapsla in all kod i en konsolapplikation så att du helt enkelt kan starta den innan du startar mongo-instansen.