Du måste iterera över alla dina dokument i kod och använda en regex-ersättning för att rensa upp strängarna.
Så här skulle du göra det i mongo-skalet för ett test
samling med en phone
fält som behöver städas upp.
db.test.find().forEach(function(doc) {
doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, '');
db.test.save(doc);
});