I slutändan är du skruvad. Det finns ingen möjlighet (i mongodb) för att garanti dataintegritet i ett sådant scenario, eftersom det saknar relationer i allmänhet och främmande nycklar i synnerhet. Och det är ingen mening med att bygga kontroller på applikationsnivå. Oavsett hur genomarbetade de är, kan de fortfarande misslyckas (därav "ingen garanti").
Så det är antingen att bädda in (så att relaterade data alltid finns där, direkt i dokumentet) eller att överge hoppet om konsekventa data.