Jag hade exakt samma problem. Det verkar som om det är en ny.
Här är min anslutningssträng som nu fungerar
mongoose.connect('mongodb://ANVÄNDARNAMN :LÖSENORD @myShard -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAME ?ssl=true&replicaSet=myShard -shard-0&authSource=admin');
För att skapa en ny DB använde jag MongoDB Compass. Kopiera anslutningssträngen från Atlas-webbplatsen (den längre - 3.4 tror jag), när du öppnar mongodb kompass kommer den att känna igen att det finns en anslutningssträng i ditt urklipp (OSX) och gör att du kan fylla i anslutningen för Compass med en enkelt klick. Du kan skapa en ny databas därifrån (Klicka på MyCluster längst upp till vänster - sedan Skapa databas. Skriv in namnet på den nya db:en i det fetstilta MYDBNAME i min anslutningssträng.
Det tog några uppdateringar för att se nya data.
Jag hade ungefär samma anslutningssträng som du (db-namn/shard annorlunda etc) - jag kunde POST men inte GET. POSTS skapade inget fel (men jag kunde inte hitta data som jag postade) och GET gav samma fel som du fick.