Den här frågan kan vara gammal, men jag upplevde samma problem och hittade en annan lösning som kan fungera för andra.
Lägger till ?authSource=admin till slutet av din MONGO_URI variabel kommer att autentisera dina referenser mot administratörsdatabasen, snarare än den du ansluter till.
Exempel:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"