Jag är helt ny på dokumentorienterade databaser och just nu försöker jag utveckla ett slags CMS med node.js och mongodb så jag står inför samma problem som du.
Genom försök och misstag hittade jag den här tumregeln:Jag gör en samling för varje enhet som kan vara ett "ämne" för mina frågor, samtidigt som jag bäddar in resten i andra objekt.
Till exempel kan kommentarer i ett blogginlägg bäddas in, eftersom de vanligtvis är bundna till själva inlägget och jag kan inte tänka på en användbar fråga som görs globalt på alla kommentarer. Å andra sidan kan taggar som är kopplade till ett inlägg förtjäna sin egen samling, för även om de är bundna till inlägget kanske du vill resonera globalt om alla taggar (till exempel göra en lista över populära ämnen).