Varför skulle denna db.eval -> array.push köras två gånger för vissa poster?

På grund av din sort:

 db.companies.find({exchange: 'OTC'})

Det är naturligt, och eftersom din uppdatering med största sannolikhet inte är på plats för dessa 1 100 gör det att vissa dokument flyttas till slutet av MongoDB:s interna länkade listor, vilket är standardsorteringsordningen; som sådan får du dubbletter av dokument.

Sortera din fråga med något som _id eller vad som helst, bara något.