Ok, jag har hittat lösningen för att få base64-strängen till ett GUID-format inom noden, för att konvertera den måste detta göras:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
och nu kan jag fråga databasen så här:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});