Som nämnts av m4gic och i frågorna han länkade (här och här ), MongoDB stöder inte överlappande borttagningar. I din situation bör du förmodligen skapa en array i User-objektet och lägga in de fullständiga underordnade dokumenten i den arrayen istället för att behålla dem i sin egen samling. På så sätt kommer de att raderas tillsammans med föräldern, eftersom de är en del av det.