Till slut hittade jag lösningen här. Förhoppningsvis kan det hjälpa någon annan.
Naturligtvis, när allt annat misslyckas läs dokumenten...
En OrderedDict är också giltig
query = [('collMod', 'contacts'),
('validator', {'phone': {'$type': 'string'}}),
('validationLevel', 'moderate')]
query = OrderedDict(query)
db.command(query)
{'ok': 1.0}
EDIT:
Aktuell dokumentation varifrån ovanstående kommer. Observera att detta lades till efter att frågan ursprungligen besvarats så dokumentationen har ändrats, men den borde fortfarande vara relevant