Det enda sättet du kunde ha konstruerat detta på är som:
content = {};
content["Parent"] = {}
content["Parent"]["key2"] = 1
content["Parent"]["key 3"] = 1
db.coll_name.insert(content)
Men du verkar sakna att det inte är något fel med att göra detta:
db.coll_name.find({ "Parent.key 3": 1} )
Eller i projektion
db.coll_name.find({}, { "Parent.key 3": 1 })
Det är "dot notation" och inte objektnotation, och så länge du citerar nyckelnamnen (vilket är obligatoriskt för punktnotation) så går det bra och du kan ha ett mellanslag där.