Inbäddade dokument kan bara existera som objekt i en array. Det är genom design, du kan fråga författarna av deras skäl :)
Du kanske vill använda en DBRef :
Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(notera att du inte behöver add ring)
Se dokumenten för populate/DBRef .