Det verkar som att du bara saknar "fält"-specifikationen i din "userBankAdvanced"-publiceringsfunktion. Jag skrev ett test i meteorpad med ditt exempel och det verkar fungera bra. Bank-id:t är hårdkodat för enkelhetens skull.
Så istället för
return Meteor.users.find({_id:this.userId,"bankList.id": bankId}, {'bankList.$': 1});
försök använda
return Meteor.users.find({_id:this.userId,"bankList.id": bankId}, {fields: {'bankList.$': 1}});