Uppdatera kapslad array i Meteor

Det är fel i din fråga i owners fält:

Territories.update({
         _id: template.data._id,
         owners: {
             $elemMatch: {
                 _id: this._id
             }
         },
         {
             $push: {
                 'owners.$.notes': {
                     title: "First Title"
                 }
             }
         })

Du kommer inte att kunna uppdatera direkt från klientsidan eftersom du använder owners och endast _id är tillåtet. För att lösa detta kan du uppdatera med Meteor.methods och anropa den metoden från klientsidan.