Indexet "FirstIdSecondIdCreationTime" beaktades inte automatiskt eftersom det skapades med en sortering och frågan körs utan en sortering.
Använd .collation() markörmetod för att ange samma sortering för frågan som användes för indexet.
Körtiden på 5,5 sekunder med det indexet är också ganska långsam. Du kan se en viss förbättring i den frågan om du skapar ett index på {FirstId: 1, SecondId: 1, _id: 1} så att de query executor kan använda indexet för att möta sorteringen istället för en in-memory sortering.