Det verkar som om MongooseArray#pull
Metoden fungerar bara om dina element har _id
egenskaper.
Jag tycker att det är lättare att använda direktsamtal för att update
för att undvika den här typen av överraskningar:
mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);