Mongo Distinkt Aggegation

Om jag förstår frågan rätt, är det du försöker komma fram till

 totals of all DISTINCT users_id under a day

Eller som jag förstår det:Antal unika user_id per dag.

För det kan du ta gruppen du redan har och klippa ut antalet så att du bara har ett unikt _id.user_id och _id.day värde:

'$group' => array(
            '_id'  => array(
                'user_id' => '$user_id',
                'day' => '$day'
            )
        )

Skicka sedan det till en annan $group uttalande som räknar antalet dokument per dag, eftersom det finns exakt ett för varje unikt user_id /day kombination:

'$group' => array(
            '_id'  => '$_id.day',
            'count' => array('$sum' => 1)
        )