du kan skapa en javascript-loop som gör jobbet och sedan köra den i mongokonsolen.
var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
print( "dropping db " + db.getName() );
db.dropDatabase();
}
spara den till dropall.js och kör sedan:
mongo dropall.js