Detta är MongoDBs standardbeteende för uppdateringar. Om du vill uppdatera flera dokument samtidigt måste du uttryckligen tillhandahålla multi flagga:
db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )
så du måste använda
db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
{"$set":{status:0}},
false,
true);
istället.
Från dokumentationen :