Det här är en ganska specifik fråga, men om någon råkar snubbla över ett liknande problem var mitt problem att jag skrev en fil med alla mina dokument som en json för att använda mongoimport på en fjärrserver.
Problemet var att JSON.stringify() kommer att konvertera ett objectId till en sträng. För att fixa det skrev jag bara ett litet skript för att gå igenom alla objekt i min användararray och konvertera alla _id:s tillbaka till objectId:s med följande kommando:
var mongoose = require('mongoose');
user._id = mongoose.Types.ObjectId(users[i]._id);
Anropa sedan Model.create() på min mongoose-modell med de uppdaterade dokumenten att massinsätta och raderade originaldokumenten