Jag fixade detta genom att använda det refererade objektets ID istället för själva referensobjektet som min sökterm.
$_repo->findOneByCustomer($customer->getId());
EDIT:Det är inget undantag, men det returnerar faktiskt ingenting heller. Jag försökte använda nya MongoId($id) som föreslagits några ställen (Doktrin MongoDB hitta efter id ), men det fungerade inte heller. Slutligen hittade jag något i den fullständiga frågebyggaren som söker efter referenser (obs:detta använder objektet istället för objektets ID).
$dm->createQueryBuilder()->find('CantaoCustomerBundle:CustomerTags')
->field('customer')->references($customer)
->getQuery()->execute();
Jag tycker att det här borde göras enklare (som du gjorde från början), men den här korrigeringen fungerar för mig.