Varför nya dokument i mongo har ett objekt och inte ett ObjectId?

Det är vad ett ObjectID är. Det är helt enkelt ett objekt som innehåller dessa egenskaper.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ф~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ф~\u001d$©t är binär med 12 tecken sträng som konverteras till den välbekanta hex-strängen på 24 tecken (55107edd8e21f20000fd79a6 ) när objektet som helhet representeras som ett textvärde (dvs dess .toString funktionen anropas)

I Mongoose har dokumenten också en .id getter som ger dig 24 char hex som ett strängvärde.