Alternativet "notablescan", som @ghik nämnde, kommer att hindra dig från att köra frågor som är långsamma på grund av att du inte använder ett index. Det alternativet är dock globalt för servern och det är inte lämpligt för användning i en produktionsmiljö. Det kommer inte heller att skydda dig från någon annan källa till långsamma frågor förutom tabellsökningar.
Tyvärr tror jag inte att det finns ett sätt att direkt göra vad man vill just nu. Det finns en JIRA-biljett som föreslår tillägg av en frågeparameter $maxTime eller $maxScan, vilket låter som att det skulle hjälpa dig, så rösta på det:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .