Det som fungerade för mig på Fedora 20:vi måste skapa temp dir på varje start, och det hanteras av systemd-tmpfiler. Så skapa en fil /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf och lägg en rad i den:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Det verkar klara det vid omstarter; om du inte vill starta om direkt kan du utföra det med:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Se man-sidorna för systemd-tmp-filer)