Om du sorterar fallande och du ser null värden i slutet, skulle det vara standardbeteendet av denna typ.
Det finns egentligen inte mycket som kan göras för att ändra det beteendet, men en lösning som ger dig de resultat du letar efter är att göra två frågor istället för en:
db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );