Det enklaste sättet är att använda lås (tvåfas commit), även om detta inte är särskilt effektivt i vissa fall. För högre samtidighet kan någon form av MVCC implementeras på toppen av Mongo. Den här artikeln ger en bra beskrivning:
http://highlyscalable.wordpress.com/2012/ 01/07/mvcc-transactions-key-value/