Har du testat att lägga till en annan inkluderingsprojektion? Jag tror att du kanske kan lägga till något trivialt som foo:1 (det är inte ett riktigt fält) och det borde fungera.
Som så:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Om det inte fungerar föreslår jag att du gör en bugg med mongo. De är faktiskt väldigt bra på att svara på buggar.