De tidigare svaren fungerar inte i MongoDB 3.4+. Det rätta sättet att göra detta i version 3.4 och högre är att skapa ett BasicDBObject och använda det som parametern för Database.runCommand(). Här är ett exempel.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);