Du är så nära! Kom ihåg att ditt yttersta "innehåll" är en array i sig. Så följande ändring med två tecken fungerar, använd content.$.assets inom värdet för $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zooma framåt.