Du kan göra detta genom att $unwind genom att använda updates array, sorterar de resulterande dokumenten efter date , och sedan $group sätter ihop dem igen på _id med den sorterade ordningen.
db.servers.aggregate(
{$unwind: '$service.apps.updates'},
{$sort: {'service.apps.updates.date': 1}},
{$group: {_id: '$_id', 'updates': {$push: '$service.apps.updates'}}},
{$project: {'service.apps.updates': '$updates'}})