Detta är från minnet och inte testat. Eftersom du inte har sagt vad felet var, gör jag en gissning från att göra liknande tidigare med Mysql. Om felet säger att du inte kan uppdatera och välja från samma tabell, måste du lägga till ett alias till select. Om inte, tycker jag att du ska använda en IN, inte en join.
Inte testad men borde fungera
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
På en mobil så förhoppningsvis formaterad ok och parenteser i rätt ordning osv :)