Inte säker på mySQL men i MSSQL kan du ändra sorteringen i frågan så om du till exempel har 2 tabeller med olika sortering och du vill gå med i dem eller som i din situation kan du göra en låda UNION
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Naturligtvis är SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS bara ett exempel på sortering du vill "konvertera" till