mysql-server (av vilken version som helst) beror på andra paket (i ditt fall mysql-community-libs mysql-community-server)
När det är installerat i första hand med den gamla versionen är det här installerat. När du "avinstallerar" mysql-server tas dessa beroenden INTE bort.
När du försöker installera den nya versionen kommer dessa fortfarande befintliga paket att komma i konflikt med det nya paketet. Det spelar ingen roll om de faktiska filerna i paketet finns där, det är paketet och det är en lista över vad man kan förvänta sig som kommer i konflikt.
För att lösa ditt problem ta reda på vilka beroenden av mysql-server var och avinstallera dem innan du försöker installera.
Det här svaret https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package kan vara av intresse för att ta reda på vad mysql-server beror på