Jag har haft samma problem. Den leverantör jag tvingades använda hade bara MyISAM och jag utvecklade i InnoDB. Det är möjligt att migrera eftersom det verkar som att MyISAM ignorerar alla FK-kommandon du använder när du skapar schemat.
Jag använde en enkel export från Mysql-arbetsbänken och importerade schema och innehåll i fjärrvärden.
Jag tror att begränsningarna för databasen skulle behållas eftersom jag utvecklade och testade med InnoDB med FK-kontroll. Om din kod är solid bör risken vara minimal att databasen förlorar integritet. Men det kan naturligtvis uppstå fall av oförutsedda problem med nycklarna om du inte hanterar vissa begränsningar i din kod.
En översikt över InnoDB och MyISAM lagringsmotorer kan ge dig svaret om du har förlitat dig på något annat som skiljer de två åt.