Du kan använda @Table(catalog="") för att ange databas som de tillhör och sedan också kan göra relation över databasen.
i ditt fall Wheel mappar till DB1, Car till DB2 och MotorCycle till DB3 med katalogattribut.
Jag har använt den här lösningen med MySQL och MSSQL och fungerar perfekt. enda begränsning detta har alla tre DB måste vara i samma databasserver och användare som används för att komma åt db bör ha lämplig behörighet till alla DB.
Eftersom denna lösning bara lägger till schemanamn mot tabell i alla frågor.