CSV har inget begrepp om "null". Det är omöjligt att skilja mellan ett fält som är null och ett fält som har ett legitimt tomt värde (t.ex. tom sträng). Du måste massera raderna när du laddar dem innan frågeinfogningen, för att ersätta eventuella "tomma strängar" med lämpliga NULLs
t.ex.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';